漂流木方舟教堂位於台南玉井的加利利宣教中心，矗立在綠草如茵的山坡，如一艘大船逆流在山坡，船頭還有座十一米高的十字架，整間教堂由屏東林管處提供的700噸漂流木，以及88風災的當地災民蓋成，可容納700-800人緊急避難。

教堂內的設計取自聖經「彩虹的約定」，希望人們記取洪水教訓，因此教堂牆上繪上瀑布和彩虹，天花板也有藍天白雲，非常特別。教堂前有片大草原，有耶穌牧羊的雕像，還有好幾種成對的動物塑像，如：長頸鹿、斑馬、梅花鹿、山羊等，簡直就是諾亞方舟的翻版。

宣教中心占地共23多公頃，除露營區外，還有烤肉區、營火區、兒童遊戲區、生態導覽區、烘土窯園區、可垂釣渡筏的碧綠湖泊、風味餐廳、登山步道和小木屋等，但需事先預約。